Поиск пиков в данных ChiP-Seq

Поиск пиков (англ. Peak calling) — это компьютерный метод поиска областей генома, обогащённых выровненными ридами из данных ChiP-Seq эксперимента. Такие области называют пиками, поскольку они являются локальными максимумами покрытия генома ридами (то есть количества прочтений, выровненных в данной позиции). Определённые таким образом регионы считаются местами связывания белка, с которым проводился опыт. Если речь идёт о транскрипционном факторе, то обогащённые области по сути являются сайтами связывания транскрипционного фактора. Определение областей пиков является важным шагом любого Chip-Seq эксперимента, поскольку именно на этом этапе происходит интерпретация данных — нужно отличить шумы от сигнала.